文字コードの変換については以前悩んだのでやり方は分かっていたのですが、画面に出力する文字コードの指定がどうすればよいのか悩みました。
でも、よくよく考えなくても、JAVA VMの文字コードを指定してやればよいだけで、下記のように、出直文字コードのオプションをつけて実行することで解決しました。
java -Dfile.encoding=UTF8 -jar aoi2.jar --java [SOURCEFILE]
ちなみにコンパイル時も「-encoding」とつけるだけです。
javac -encoding UTF8 Test.java